该馆总面积约7.9万平方米，由中国工程院院士张锦秋团队设计，新唐风的建筑融合了传统与现代之美，分为展馆、内庭院、馆前广场、大运塔和今月桥5个部分，是国内首座集文物保护、科研展陈、社会教育为一体的现代化综合性运河主题博物馆。
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